有机肥是完全肥料，不仅矿质养分含量高，而且含有丰富的有机质，肥劲稳定、肥效持续时间长。有机肥施入土壤后，能把土壤中各种不可给态养分溶解为有机态，在较长时间内供给大豆吸收利用。它还能改善土壤的物理性质，增加疏松程度，增强土壤保水、保肥能力，造成良好的大豆生长环境。如因农活紧张，贴茬播种，不能给大豆施底肥，可有计划地把两季作物该施的底肥，一次性施在大豆前茬作物小麦底肥里，使大豆利用前茬残肥，获得较好的收成。

大豆施用底肥的数量根据有机肥的质量、土壤基础、前茬作物施肥情况而定。有机肥质量高、土壤基础好、前茬作物施肥多的大豆底肥可施得少些，否则应多施。一般公顷施农家肥30000～45000千克（或饼肥600～750千克）。为了提高有机肥的肥效，底肥中可配合施一些化肥。